João Moutinho é filho de um ex-futebolista que actuou pelo SL Benfica e do Portimonense.
Formado nas escolas do Sporting, por onde já passaram Luís Figo, Luís Boa Morte, Simão Sabrosa, Hugo Viana, Ricardo Quaresma e Cristiano Ronaldo, foi uma das primeiras revelações após a construção da Academia Sporting. Ascendeu à equipa principal do clube na época 2004/05 e no mesmo ano ganhou o prémio de "Jogador Revelação do Campeonato" da super liga Galp Energia.
Na época seguinte firmou-se como titular da equipa e prova disso foi o facto de ter disputado todos os 34 jogos do Sporting na Liga BetAndWin.
Na época 2006/07, com a saída do capitão Sá Pinto, os capitães sofreram alterações e Moutinho passou a ter o papel de 3º capitão. Ainda nesta época Moutinho completou 84 jogos consecutivos[2] e em 10 de Março de 2007, no jogo contra o Estrela Amadora, completou 100 jogos pelo Sporting.
Na época 2007/08 com as saídas de Custódio, Ricardo e Marco Caneira do Sporting tornou-se o capitão da equipa com apenas 20 anos.
É considerado mais uma grande revelação das escolas do Sporting.
Na pré-época 2008/09, no final de um jogo de preparação, chamou os jornalistas e disse que queria sair do Sporting ainda esta época. Na altura falava-se do interesse do Everton no jogador, que teria feito uma proposta a rondar os 15 milhões de euros.